Кафедра хирургии была создана в 1964 г для преподавания дисциплины - госпитальная хирургия на вечернем отделении лечебного факультета. Клинической базой кафедры был НИИ СП им. Н.В. Склифосовского. С момента своего основания коллектив кафедры активно занимался проблемами неотложной хирургии. Первым заведующим кафедры был выдающийся советский хирург, академик АМН СССР Борис Александрович Петров.
Этот период работы коллектива кафедры связан с изучением хирургического лечения заболеваний печени, желчевыводящих путей, желудочно-кишечных кровотечений, хирургического лечения острой печёночно-почечной недостаточности, портальной гипертензии, рубцовых стриктур пищевода. В 1969 году вечерний лечебный факультет был преобразован во 2-ой лечебный факультет и кафедра изменила название на «кафедру госпитальной хирургии № 2». С 1976 года кафедра базируется в открывшейся в Москве Городской клинической больнице №7, положено начало становлению экстренной хирургии в ГКБ №7.

С 1979 по 1990 гг. кафедрой руководит член-корреспондент РАМН, лауреат Государственной премии СССР, ректор 1 ММИ, профессор Владимир Иванович Петров, этот период посвящен методам совершенствования диагностики и лечения острых хирургических заболеваний органов брюшной полости и грудной клетки, связан с освоением лапароскопических и торакоскопических операций, с внедрением транслюмбальной аортоартериографии, селективной ангиографии.

С 1990 года кафедру возглавил ученик Б.В. Петровского, лауреат Государственной премии СССР, член нескольких иностранных хирургических академий, академик РАМН Глеб Михайлович Соловьёв – один из пионеров отечественной кардиохирургии. Этот период отмечен формированием научного отдела кардиохирургии 1 ММИ им. И.М. Сеченова на базе ГКБ №7 с лабораторией искусственного кровообращения, а также патогенетического обоснования выбора тактики лечения, объема хирургических вмешательств при осложнениях язвенной болезни.

В 2003 году кафедру возглавил ученик Б.В. Петровского и Э.Н. Ванцяна, руководитель отдела торако-абдоминальной хирургии РНЦХ РАМН Александр Фёдорович Черноусов – академик РАМН, Кавалер Ордена За Заслуги перед Отечеством III cтепени, заслуженный деятель науки Российской Федерации. На кафедре продолжаются научные исследования в области функциональной хирургии желудка, ведётся изучение применения фибринового клея в плановой хирургии желудка и пищевода

С 2006 года кафедрой заведует ученик и последователь А.Ф. Черноусова, доктор медицинских наук, профессор Александр Иванович Чернооков. На кафедре продолжается изучение вопросов хирургии рака пищевода и желудка, осваиваются новые методики в хирургии желудка при осложнённой язвенной болезни, при сочетанной травмы, острых нарушений висцерального кровообращения, разрабатываются миниинвазивные и комбинированные способы лечения грыж брюшной стенки, заболеваний периферических вен.

С 2017 года, после объединения кафедр госпитальной хирургии №1 и № 2, кафедрой госпитальной хирургии руководит академик РАН Юрий Владимирович Белов, являющийся ведущим специалистом в области кардиохирургии в нашей стране. Продолжаются традиции расширения возможностей как лечебного, учебного, так и научного процесса

В целях интеграции высшего образования, научных достижений и медицинской практики для повышения качества оказываемой медицинской помощи в 2018 году на базе ГКБ им. С.С.Юдина была создана Университетская клиника общей, реконструктивной и сердечно-сосудистой хирургии. В настоящее время руководителем Университетской клиники на базе ГКБ №7 имени С.С.Юдина является заслуженный врач РФ, доктор медицинских наук, профессор, хирург высшей квалификационной категории Александр Евгеньевич Войновский